Η ιστορία της ΕΑΕΠ Παγκρατίου ξεκινάει λίγο πριν τις αρχές του έτους 2000. Oρισμένοι αδελφοί που κατοικούσαν στην περιοχή του Παγκρατίου αλλά και στις γύρω περιοχές της Καισαριανής, του Βύρωνα και του Ζωγράφου συμμετείχαν σε μια ομάδα προσευχής στο σπίτι του αδελφού Νίκου και Έφης Πάνου στην Καισαριανή που γινότανε κάθε Σάββατο πρωί. Υπήρχε η παρουσία του Αγίου Πνεύματος με έντονες εκδηλώσεις των χαρισμάτων Του.

Μερικούς μήνες πριν το 2000 επισκεπτόταν και συμμετείχε στις προσευχές αυτές ο αδ. Χάρης Καραγιάννης που εκείνη την εποχή υπηρετούσε ως πρεσβύτερος στην Κεντρική Εκκλησία των Αθηνών. Το Άγιο Πνεύμα έβαλε στην καρδιά ορισμένων αδελφών να προσεύχονται ώστε ο Κύριος να ανοίξει μία εκκλησία στην περιοχή του Παγκρατίου. Έτσι, με οδηγία του Κυρίου προσφέρθηκε η αδελφή Βαρβάρα Μέμη να μας παραχωρήσει εγκάρδια το σπίτι της στην οδό Σπύρου Μερκούρη ώστε να αρχίσει μία κατ’ οίκον εκκλησία έως ότου ο Κύριος φανερώσει την παραπέρα πορεία του θελήματός Του.

Στο ξεκίνημα αυτό συμπαραστάθηκε ο αδ. Λούης Φέγγος ενθαρρύνοντάς μας και επισκεπτόμενος την κατ'οίκον συνάθροιση για να μας ενισχύσει με το Λόγο του Θεού. Στα μέσα Φλεβάρη του 2000, αμέσως μετά από την πρώτη συνάθροιση στο σπίτι της αδελφής Βαρβάρας Μέμη άρχισε μεγάλη προσέλευση παλαιών αδελφών αλλά και νέων ψυχών για να προσεύχονται και να ακούν τον λόγο του Θεού. Μας έδωσε μαρτυρία ο Κύριος με σημεία και φανερώσεις ότι συνεργεί στο Έργο αυτό και μέσα σε δύο μήνες περίπου επικράτησε το αδιαχώρητο στο σπίτι της αδ. Βαρβάρας, οπότε αναγκαστήκαμε να ψάξουμε να βρούμε μία αίθουσα ώστε να στεγασθεί η εκκλησία του Παγκρατίου. 

Ο Κύριος βοήθησε θαυμαστά και βρέθηκε για ενοικίαση η τωρινή αίθουσα στην οδό Φιλολάου 166 στον Απρίλη του 2000. Χωρίς να υπάρχει ούτε μία δραχμή στο ταμείο της εκκλησίας ο Κύριος με θαύματα και σημεία προέβλεψε και έβαλε στις καρδιές αδελφών να καλύψουν όλα τα έξοδα εγκατάστασης και λειτουργίας. Επίσης ο Κύριος έβαλε στην καρδιά ευλογημένων εργατών της Κεντρικής Εκκλησίας Αθηνών να υποστηρίξουν το έργο αυτό.

Ο Κύριος μας χάρισε τον Σεπτέμβριο του 2000 την άδεια ιδρύσεως και λειτουργίας ευκτήριου οίκου από το Υπουργείο Εθνικής Παιδείας και Θρησκευμάτων. Στις 15/10/2000 έγιναν τα εγκαίνια της εκκλησίας όπου έγινε μεγάλη ευλογία. Από τότε ο Κύριος φάνηκε πιστός στις υποσχέσεις Του και προσέθεσε πολλές αθάνατες ψυχές στο σώμα Του δια του βαπτίσματος εν ύδατι και βαπτίζοντάς τις με το Άγιο Πνεύμα και αναδεικνύοντας νέους εργάτες από τη νέα αυτή συγκομιδή,  οι οποίοι και στελέχωσαν την Εκκλησία του Παγκρατίου, εργαζόμενοι με ζήλο για την πρόοδο του Ευαγγελίου.

Από το 2009 ο Κύριος έβαλε στην καρδιά μας ιδιαίτερα στον αδ. Αλέκο Καραγιάννη να έχουμε τριήμερα συνεχούς προσευχής στην εκκλησία και από τότε να συνεχίζουμε τακτικά και με την δύναμη του Κυρίου μας, εισπράττοντας πολλές ευλογημένες απαντήσεις στις προσευχές μας.  

Τον Αύγουστο του 2007 άρχισε το 1ο Πνευματικό συνέδριο την Εκκλησίας του Παγκρατίου στο Καρπενήσι με μερικούς αδελφούς από την εκκλησία, που αποφασίσαμε να κάνουμε καλοκαιρινές διακοπές στο βουνό αλλά παράλληλα να έχουμε πνευματική κοινωνία μέσω μαθημάτων από τον Λόγο του Θεού και προσευχών. Το συνέδριο αυτό το συνέχισε ο Κύριος κάθε χρόνο τις πρώτες μέρες του Αυγούστου και το αγκάλιασαν πολλοί αδελφοί της ΕΑΕΠ από όλη την Ελλάδα. 

Μέσα στα χρόνια που ακολούθησαν από την ίδρυση της Εκκλησίας του Παγκρατίου πολλές φορές φάνηκε η αδυναμία μας μέσα από θλίψεις και δοκιμασίες αλλά παράλληλα φαίνεται συνεχώς η δύναμη του Κυρίου που ενισχύει αυτό το φύτευμα με την παρηγορία του Αγίου Πνεύματος.